El instituto Kino de San Luis A.C. es dirigido por misioneros Josefinos de México, fundados por el Padre José María Vilaseca en 1872 y que tiene cómo finalidad las misiones entre indígenas y la educación de la juventud.

El Instituto Kino de San Luis A.C. fue fundado en 1968 por iniciativa de un grupo de sanluisinos que vieron la necesidad de una preparatoria. Hasta entonces los jóvenes que terminaban secundaria y querían seguir estudiando tenían que ir a la ciudad de Hermosillo o Guadalajara.

El grupo de ciudadanos solicitó a la universidad de Sonora (UNISON) que se hiciera cargo de una preparatoria en San Luis Río Colorado. El Rector contestó que no era posible. Entonces estos padres de familia recurrieron al entonces obispo de Mexicali, Don Manuel Pérez Gil, quien se puso en contacto con el superior general de la Congregación de Misioneros de San José, una congregación religiosa que se dedica a la educación de la juventud y las misiones entre indígenas.

Los misioneros josefinos vinieron a conocer a esta parte del desierto y viendo la necesidad aceptaron hacerse cargo de la preparatoria. El primer director fue el padre Luis Santillán m.j.

Se construyeron seis salones en lo que era el antiguo panteón municipal, mucha gente ayudó, pero los comienzos fueron pobres. “Eran unos cuantos maestros, algunos de los cuales trabajaban sin cobrar”, cuenta la profesora Lupita Navarro, en su folleto. “Conocer para amar, inicios del Instituto Kino.

Al año siguiente, 1969, se vio la necesidad de iniciar la secundaria. Se encementaron los patios que hasta entonces eran de arena. Luego se fueron aumentando los salones. El instituto fue creciendo con altibajos.

En 1985 se necesitó ya construir un edificio nuevo, de dos plantas, se inició la construcción siendo director el p. José Luis del Río Gallegos m.j. se contaba con 400 alumnos entre secundaria y preparatoria.

Vinieron tiempos económicos difíciles para San Luis Río Colorado. La construcción se detuvo. Cuando por fin se terminó el edificio la escuela tenía solamente 150 alumnos de secundaria y preparatoria.

En 1995 se inició el Kinder y en 1996 la primaria. En el 2000 empezó una preparatoria vespertina con fines sociales, la cual dejó de prestar servicio en Junio del 2007.

Hasta la fecha el Instituto cuenta con más de 959 alumnos en los niveles de kínder, primaria, secundaria y preparatoria.